Rokotteet aiheuttavat pitkäaikaisia häiriöitä immuunijärjestelmään. Vaikka rokotteilla voidaan ehkäistä lapsuuden tartuntatauteja, ne tekevät tietyistä sairauksista, kuten autoimmuunisairauksista, astmasta, allergioista ja syövästä, paljon yleisempiä.

Tutkimusten mukaan rokotetut lapset sairastuivat kahdesta viiteen kertaa useammin lastensairauksiin ja tavallisiin sairauksiin, ja heillä esiintyy enemmän allergiaa kuin rokottamattomilla.